V EÚ dlhodobo fungujú programy zamerané na medziregionálnu spoluprácu v prihraničí i širšom území členských krajín. V rokoch 2007 - 2013 má Slovensko pozdĺž svojich hraníc 5 programov cezhraničnej spolupráce - Program cezhraničnej spolupráce SR-ČR, Program cezhraničnej spolupráce SR-AT, Program cezhraničnej spolupráce SR-PL, Program cezhraničnej spolupráce SR-MR, Program ENPI HU-SR-RO-UA. Nadnárodnú spoluprácu zastrešujú ďalšie dva programy - Central Europe 2007 - 2013 a Southeast Europe 2007 - 2013. Pre medziregionálnu celoeurópsku spoluprácu je tu program INTERREG IVC. Ďalším podporným programom pre cezhraničnú a územnú spoluprácu je program INTERACT II.
Európska územná spolupráca je novým samostatným cieľom kohéznej politiky EÚ. Vychádza zo skúseností regionálnej spolupráce v rámci iniciatív Spoločenstva INTERREG a programov cezhraničnej spolupráce (CBC). Jej cieľom je dosiahnutie vyrovnanej integrácie rôznych území EÚ prostredníctvom podpory spolupráce regionóv.
V rámci tretieho cieľa "Európska teritoriálna spolupráca" sa má dosiahnuť posilnenie:
Subjekty z prešovského kraja majú možnosť z hľadiska územnej oprávnenosti čerpať zdroje EÚ z troch programov cezhraničnej spolupráce: