Prírodné pomery Prešovského kraja sú veľmi pestré. Povrch druhého najrozľahlejšieho kraja na Slovensku je prevažne hornatý. Územie kraja pretína dôležitá hranica medzi Západnými a Východnými Karpatmi. K najznámejším geomorfologickým celkom patria Tatry, Pieniny, Spišská Magura, Levočské vrchy, Čergov, Šarišská vrchovina, Košická kotlina, Slanské vrchy Ondavská vrchovina, Laborecká vrchovina, Bukovské vrchy a Vihorlatské vrchy.
Región Prešovského kraja patrí z hľadiska prírodnej hodnoty k najvzácnejším na Slovensku.
Nachádzajú sa tu
Do Prešovského kraja ďalej zasahujú
Okrem plošne rozsiahlych chránených území sa v Prešovskom kraji nachádza aj niekoľko desiatok maloplošne chránených území – národné prírodné rezervácie, prírodné rezervácie, národné prírodné pamiatky, prírodné pamiatky, chránené areály.
Najvyšším miestom Prešovského kraja je Gerlachovský štít (2655 m n. m.) vo Vysokých Tatrách, ktorý je zároveň aj najvyšším vrchom Slovenskej republiky.
Najnižšie položené miesto sa nachádza pri výtoku rieky Ondavy z kraja v katastri obce Nižný Hrušov (105 m n. m.).
Prešovský kraj má najchladnejšie a najdaždivejšie podnebie na Slovensku. Z hydrografického hľadiska patrí Prešovský kraj k úmoriu Baltského a Čierneho mora. Územím prechádza hlavné európske rozvodie.
Najvýznamnejšími vodnými tokmi sú
Z prírodných jazier je veľká väčšina sústredená vo vysokohorskom prostredí Vysokých Tatier (plesá). Nachádza sa tu
Sú tu aj najvyššie vodopády Slovenska s dominujúcim 80 metrov vysokým Kmeťovým vodopádom v doline Nefcerka.
Veľký význam majú vodné nádrže
Z minerálnych vôd sú najznámejšie kyselky vo Vyšných Ružbachoch, Novej Ľubovni, Bardejovských Kúpeľoch, Cigeľke, Sivej Brade, Baldovciach, Gánovciach, Lipovciach a Šindliari. V Bardejovskyćh Kúpeľoch, Vyšných Ružbachoch a v Novej Ľubovni vznikli už v minulosti významné kúpeľné centrá.
Pôvodná vegetácia Prešovského kraja bola tvorená prevažne lesmi. Dominantnými druhmi sú duby, buky, smreky, smrekovce, jedle a borovice.
Veľmi vzácna a pestrá je aj fauna Prešovského kraja. Medveď hnedý, vlk obyčajný, rys ostrovid, kamzík vrchovský stredoeurópsky, svišť vrchovský tatranský a mnoho ďalších druhov sú typickými živočíšnymi zástupcami oblasti.