Природные условия Прешовского края весьма разнообразны. Поверхность второго по величине края Словакии в основном гористая. Территорию края пересекает важная граница между Западными и Восточными Карпатами. К самым известным геоморфологическим образованиям принадлежат Татры, Пиенины, Спишска Магура, Левочские горы, Чергов, Кошицкая котловина, Сланские горы, Ондавское нагорье, Лаборецкое нагорье, Буковские горы и Вигорлатские горы.
С точки зрения природных богатств регион Прешовского края относится к самым ценным в Словакии. Здесь расположен самый старый в Словакии национальный парк (1949) – Татранский национальный парк (ТАНАП), который с 1993 года является и биосферным заповедником, самый старый международный природный парк в Европе – Пиенинский национальный парк (ПИЕНАП) и Национальный парк Полонины, чьи девственные леса включены в книгу Всемирного наследия ЮНЕСКО. В Прешовском крае частично находятся Национальный парк Низкие Татры (НАПАНТ) и Национальный парк Словацкий рай со своим специфическим ландшафтом, изрезанным ущельями и каньонами. Богатыми лесами характеризуются Охраняемая ландшафтная область Восточных Карпат, а на редкие виды растений и животных богата Охраняемая ландшафтная область Вигорлат. Кроме больших по площади охраняемых территорий в Прешовском крае находится несколько десятков небольших охраняемых территорий - национальные природные заповедники, природные заповедники, национальные природные памятники, природные памятники, охраняемые территории.
Прешовский край имеет самый холодный и самый влажный климат в Словакии. С гидрографической точки зрения Прешовский край относится к бассейну Балтийского и Черного морей. Через территорию края проходит главный европейский водораздел. Основными водными артериями являются Ториса, Топля, Ондава, Лаборец, Цироха, а в западной части края - Попрад и Дунаец. Естественные озера в подавляющем большинстве сосредоточены в высокогорных районах Высоких Татр (плесы). Там же находится и самое глубокое озеро в словацких Татрах – Большое Гинцово плесо (площадь 20,08 га, глубина 53 м), а также самое высоко расположенное озеро – Голубое плесо (2192 м). Есть тут и самые высокие водопады в Словакии во главе с доминирующим 80-ти метровым Кметьовым водопадом в долине Нефцерка.
Большое значение имеют водохранилища - Большая Домаша на Ондаве и Старина на Цирохе. Из минеральных вод самыми популярными являются минеральные воды в Вышних Ружбахах, Новой Любовне, Бардеевских купелях, Цигельке, Сивой Браде, Балдовцах, Гановцах, Липовце и Шиндлиаре. В Бардеевских Купелях, Вышних Ружбахах и Новой Любовне еще в прошлом возникли крупные курортные центры.
Первоначальная растительность Прешовского края была сформирована главным образом лесами. Доминирующими видами здесь являются дуб, бук, ель, лиственница, пихта и сосна. Фауна Прешовского края также очень редкая и разнообразная. Бурый медведь, волк, рысь, серна центрально-европейская, сурок татранский и много других видов являются типичными представителями животного мира края.