Le territoire de la région de Prešov se situe dans la zone climatique continentale modérée. Ce climat est caractérisé par quatre saisons bien distinctes. La partie méridionale de la région profite d´un climat plus doux où la température moyenne annuelle atteint 8 - 10 °C.
La partie centrale de la région avec des montagnes moins élevées appartient dans la zone modérée où la valeur de la température moyenne annuelle varie entre 4 et 8°C et la zone froide représente les parties les plus élevées de la région au-dessus de 800 m (Hautes Tatras). Ici, la température moyenne annuelle atteint 4,1°C à Starý Smokovec et -2,1°C au pic Lomnický štít.