Das Gebiet des Bezirkes Prešov befindet sich in der nördlichen milden Klimazone. Für diese Zone sind charakteristisch vier Jahreszeiten.
Das Klima der einzelnen Bezirksteile unterscheidet sich ziemlich. In den warmen Klimabereich gehört der südliche Teil des Bezirkes, wo die durchschnittliche Jahrestemperatur 8 - 10 °C erreicht. Der mittlere Bezirksteil mit niedrigeren Gebirgen gehört in den mildwarmen Klimabereich, wo die durchschnittliche Jahrestemperatur von 4 bis 8 °C schwankt, und in den kalten Klimabereich gehören die höchsten Bezirksteile über 800 m ü. M. (Vysoké Tatry). Die durchschnittlichen Jahrestemperaturen erreichen dort von 4,1 in Starý Smokovec bis 2,1 °C auf dem Berg Lomnický štít.